Optimize edilmiş algoritmalar, genetik algoritmalar ve dinamik programlama kullanılarak yapılan fiziksel DNA haritaları, parça bütünleme algoritmaları, gen dizilerinin yeniden yapılandırılmaları, yapı belirleme çalışmaları, Hidden Markov Modellerinin (HMM) kullanılarak gen bulunması ve bağlanma.