Dinamik programlama, skor matriksleri (PAM, BLOSSUM) kullanılarak bölgesel ve global dizi eşleştirilmesi, çoğul dizi eşleştirme algoritmaları, veritabanı tarama algoritmaları (Blast, Fasta), uzaklık matriksleri, soyağacı yapılandırması ve motif belirleme çalışmaları.