Atomistik ve mezoskopik zaman ve uzunluk ölçeklerinde modelleme. Tüm atomları içeren yaklaşımlar ve bunları tanımlayan kuvvet alanları. Konformasyonel tarama. Moleküler benzetimlerde gerekli istatistiksel mekanik kavramlar. Bir ve iki boyutta normal mod analizi ile spektroskopi ile bağıntısı. Moleküler dinamik benzetimlerinin kurgulanması ve basit atomistik yörünge analizleri. Parçacık bazlı mezoskopik benzetimlere giriş. Moleküler düzeyde kendi- kendine örgütlenme.