Bu ders biyolojik moleküllerin yapı ve kimyalarının, bu nanomakinelerin işlevlerinin tahmininde kullanılmasını içermektedir. Vurgulanacak konular proteinler ve etkileşimleri, yapısal geçişler, ligand etkileşimleri ile reaktivite, kararlılık ve işlev kazanımlarına neden olan yapısal değişikliklerin analizidir.