Moleküler biyoloji ve DNA dizileme
teknolojilerindeki gelişmelerle birlikte biyolojik
problemler genom çapında
cevaplanmaya başlamıştır. Yeni-nesil dizileme
teknolojisinden bu yana, DNA dizileme maliyetleri
düşmüş, böylece moleküler deneyler form değiştirmeye
başlamıştır. DNA ile ilişkili problemleri genom
skalasında cevaplamak üzere deneyler
geliştirilebilmektedir. Sonuç olarak, yeni-nesil dizileme
tabanlı teknolojilerin sayısı her yıl artmaktadır. Büyük
ölçeklerde birikmekte olan veri kümeleri, orijinal soruyla
ilgili ancak ayrı soruları cevaplamak üzere faklı bakış
açılarıyla yeniden analiz edilmektedir. Bu sebepten, bu
tekniklerin nasıl çalıştığı ve uygulandığının yanısıra
bilgisayar ortamında nasıl analiz edildiğini öğrenmek çok
önemlidir. Bu ders, RNA-seq, GRO-seq, NET-seq, ChIP-
seq, DNase-seq, FAIRE-seq, Hi-C-seq, XR-seq, Damage-
seq gibi mevcut dizileme tekniklerinin bir kısmını
kapsaycaktır. Öğrenciler bu tekniklerin teorik olarak nasıl
uygulanacağını ve pratik olarak nasıl analiz edileceğini
öğreneceklerdir. Öğrencilere, ilgili makaleleri okuma ve
sunma ödevleri verilecektir. Öğrenciler dönem boyunca
dizileme analizi gerektiren bir proje geliştirip, dönem
tamamlayacaklardır.
|